对EDI影响较大的污染物包括硬度（钙、镁）、有机物、固体悬浮物、变价金属离子（铁）、氧化剂（氯、臭氧）以及二氧化碳（CO2）。
设计RO+EDI系统时应在EDI的预处理过程除掉这些污染物。在预处理中降低这些污染物的浓度可以提高EDI性能。其他有关EDI设计策略将在本手册其它部分详述。
氯和臭氧会氧化离子交换树脂和离子交换膜。引起EDI模块功能减低。氧化还会使TOC含量明显增加。氧化副产品会污染离子交换树脂和膜，降低离子迁移速度。另外，氧化作用使得树脂破裂，通过组件的压力损失将增加。
铁和其它的变价金属离子可对树脂氧化起催化作用，的降低树脂和膜的性能。
硬度能在反渗透和EDI单位中引起结垢。结垢一般在浓水室膜的表面发生，该处pH较高。此时，浓水入水和出水间的压力差增加，电流量降低。Novpure® EDI模块设计采取了特殊的避免结垢的措施。不过，使入水硬度降到小，将会延长清洗周期。
悬浮物和胶体会引起膜和树脂的污染和堵塞，树脂间隙的堵塞导致EDI模块的压力损失增加。
有机物被吸引到树脂和膜的表面导致其被污染，使得被污染的膜和树脂迁移离子的效率降低，模块电阻将增加。
二氧化碳有两种效果。首先，CO2和Ca2+、Mg2+形成碳酸盐类结垢，这种垢的形成与给水的离子浓度和pH 有关。第二，由于CO2的电荷变化与pH 值有关，而其被RO和EDI的去除都依赖于其电荷。因此，它的去除效率是变化的，即使较低的CO2都能显著的降低产品水的电阻率。
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