秸秆生物反应堆技术是一种高效的秸秆还田方式。将秸秆埋置于农作物行间、垄下(内置式)或堆置于温室一端(外置式)，在微生物菌种的作用下，转化成矿元素养分、CO2气肥、热、酶、抗病原孢子等；同时，通过接种植物疫苗，提高作物抗病虫能力，减轻或减缓病虫害发生为害。该项技术可用于日光温室、大棚等设施瓜菜、果树栽培，露地果树、花卉、中材等栽培。
在日光温室黄瓜生产中应用。试验初步表明：嫁接黄瓜定植后没有明显缓苗期，植株生长旺盛，座果提前而且花密瓜繁，产显著提高，产品口感好、无污染。温室地温、室温明显提高，作物生长环境大幅度改善，群众反应较好。
一、技术实施条件和特点
日光温室应用该技术每亩需要玉米等秸秆3-4吨，菌种5公斤。反应期间，提高地温4-6℃，提高室温2-3℃，产品提早上市20天以上，亩增产30%左右。可大幅度减少化肥、农用，降低亚盐含和农残留，丰富土壤微元素含，改善产品品。可化土壤微生物群落，增加土壤有机，连续应用2-3年，可大幅度改良土壤，克服连作障碍。
该技术具有六大效应：一是CO2效应。一般可使作物群体内CO2浓度提高4～6倍，光合效率提高50%以上，成熟期提前10～15天。二是热效应。在严冬温室内20厘米地温提高4～6℃，气温提高2～3℃，显著改善植物生长环境。三是生物防治效应。能产生大的抗病孢子，对病虫害产生较强拮抗抑制和致死作用，植物发病率明显降低，农用减少90%以上；四是改良土壤效应。20厘米耕作层土壤隙度提高1倍以上，有益微生物群体增多，各种矿元素被定向释放出来，有机含增加10倍以上。五是酶切处理残留效应。产生大高活性的生物酶，与化肥、农接触反应，分解无效肥料、降解农残。一年应用根系周围的农残留减少95%以上，二年应用可全部消除农残留。六是提高资源综合利用效应。在加快秸秆利用的同时，提高了微生物、光、水等自然资源的综合利用率。
二、操作技术要点
可用秸秆有：玉米秸、麦秸、向日葵秆、辣椒秆、树叶、杂草、食用菌栽培菌糠和草食性家畜粪便等。该技术一般有三种方式：内置式、外置式和内外结合式。
(一)操作方式
1、内置式，七个步骤：步开沟：在垄下或行间开沟，深20-25厘米、宽度视栽培作物而定(一般为60-80厘米)；第二步铺秸秆：每亩用秸秆3-4吨，底部铺放整秸秆，上面放碎秸秆，铺完后踏实，厚20-30厘米，沟两端露出10厘米秸秆茬，便于空气进入；第三步撒菌种：将预处理好的菌种按总平均分配后均匀撒在秸秆上，轻拍使之与秸秆充分接触；第四步覆土：将开沟土回填于秸秆上，厚20-25厘米，随覆土起垄；第五步浇水：浇水以湿透秸秆为宜，浇水后3-4天整平垄面，覆土保持20厘米厚；第六步打：在垄面上打三行，行距25-30厘米、距20厘米，深要穿透秸秆层；第七步定植：按正常栽培技术进行定植，一般不浇大水，可按穴浇水。定植后高温期3天、低温期5-6天浇透水。生内每月打1-2次，每次位要错开。
2、外置式：每次用秸秆1-1.5吨、菌种2公斤、麦麸60-80公斤。在温室或大棚的一端，挖一宽1～1.2米，深0.8～1.0米，长度不等的沟。用单砖水泥砌垒或用厚农膜替代，在沟上方作隔离层，在隔离层上面铺放秸秆，一层40～50厘米厚，撒一层菌种，一般3～4层，后淋水浇湿，盖膜安机抽气。反应堆上料加水当天要开机抽气，不分阴、晴天，坚持白天开机不间断。
(二)菌种、秸秆用及比例
视作物种类及栽培方式确定菌种、秸秆用。内置式和外置式菌种亩用5公斤；秸秆3～4吨，菌种与秸秆的比为1：1000。每公斤菌种兑掺20公斤麦麸，10公斤饼肥，加水35-40公斤混合拌匀，堆积发酵4-24小时即可施用。当天用不完，将菌料摊成8-10厘米厚，堆于室内或阴凉处备用。
(三)操作注意事项
一是内置式操作时间应在定植播种前20天左右，少不少于10天，否则效果会错后。二是次浇水要足(以湿透秸秆为准)，第二次浇水间隔时间要长(30～40天)，第三次浇水要巧(常规浇2～3水，反应堆技术浇1水)。三是使用该技术禁用各种化肥和菌剂，使用化肥、农会降低菌种活性，过会使菌种死亡。四是温室、大棚采用内置式，一般不用地膜覆盖，因为地膜覆盖会阻碍CO2气体冒出和空气进入，影响定向转化和反应速度。五是内置式掌握四不宜的原则：开沟不宜过深(不超25cm)；菌种、秸秆不宜过少(每亩菌种5公斤，秸秆3～4吨)；覆土不宜过厚(20～25cm)；打不宜过晚、过少(浇水后3天打，20cm见方)。六是外置式掌握三补三用的原则：三补：一补气：保持回气畅通，增加堆内通气性；二补水：低温季节8～10天，高温季节5～7天；三补料：当反应堆中秸秆下降一半多时，及时添加菌种和秸秆，一般菌种1—2公斤，秸秆1.2吨。三用：一用气：当外置堆做好后，当天要安机抽气，开机时间苗期6～8小时，中期8～10小时，结果期应10小时以上；二用液：反应堆浸出液含有大CO2、活性酶、抗病孢子、多种矿元素等，用好反应液既能当肥又能当，一般5～7天喷施，或结合浇水进行冲施；三用渣：外置堆反应后剩余料是多种物的混合体，是高肥力、高活性的生防有机肥。从堆中清理出来，堆积放置好，下茬定植时穴施，能增产20%以上。