目前，在我国冷却水占工业用水的60%- 70%。冷却水所用的阻垢剂以磷系配方为主，而磷的排放易产生富营养化，直接导致了生态平衡的破坏；无机缓蚀阻垢剂中常用的铬酸盐、亚硝酸盐等也具有较大的毒性；在大部分水处理药剂制备过程中，使用的原料基本上均为有机溶剂，且均含有毒性，在生产过程中又消耗了大量能源，这也在一定程度上给环境带来了新的污染。
    特别是絮凝剂带来的二次污染更为严重。絮凝剂和凝聚剂占了水处理药剂总量的3/4，其中作为絮凝剂的聚丙烯酰胺(PAM)又占了絮凝剂和凝聚剂的1/2，其余1/2为无机聚合物。但是，目前使用的无机与有机絮凝剂都存在一些问题，并对人体健康有一定的影响。
     无机絮凝剂按金属盐种类，可分为铝盐系及铁盐系两大类。铁盐絮凝剂中Fe2+与水中的腐蚀质等有机物可形成水溶性物质，使自来水带色；铁盐絮凝剂中Fe3+易被还原成Fe2+，从而产生二次污染，而且铁盐絮凝剂腐蚀性强，极易造成设备的毁坏。铝盐对生物体有一定的毒性，我国部分城市自来水厂中，饮用水的铝含量超标，过量的环境残留铝对植物、水生生物、微生物等会造成巨大的危害，对人类的健康也构成了潜在的巨大危害。因而，铝系药剂的使用，需解决水中残留铝脱除等遗留问题。
     在有机高分子絮凝剂中，PAM(聚丙烯酰胺)及其衍生物约占85%。虽然PAM本身基本无毒，但其中所含的在生产过程中未完全转化的丙烯酰胺单体，却是一种神经性毒害很强的物质，且有很强的致癌性，会对人类健康构成巨大的威胁。生产过程中，夹带的有毒重金属及难降解的PAM，也会给环境带来二次污染的问题。
     因此，目前水处理药剂的发展中，存在着两个主要问题，即二次污染和非清洁化生产。水处理是一项集生产工艺、设备与药剂等多种领域为一体的系统工程，要实现水处理的绿色化，必须从工艺、设备和药剂等相关领域共同人手，不仅要发挥各个环节的独特优势，还要实现其协同效应。